لتحقيق رسالتها الرامية للحفاظ على التنوع الحيوي في الأردن، تعمل الجمعية الملكية لحماية الطبيعة على:

إنشاء وإدارة سبع محميات طبيعية في أجمل المناطق الطبيعية في المملكة: ضانا، ووادي الموجب، والأزرق، والشومري، ودبين، وعجلون ووادي رم، تمتد هذه المحميات على مساحة تزيد على 1200 كم2، تؤمن هذه المحميات الحفاظ على أفضل المناطق الطبيعية وأكثرها تنوعا حيويا في الأردن، كما وتتميز بجمال طبيعي ليس له نظير، كما تعمل الجمعية حالياً على إنشاء خمس محميات جديدة في مناطق برقع وغور فيفا وقطر وجبل مسعودة ونهر اليرموك.

تنفيذ برامج توطين للأحياء البرية المهددة بالإنقراض، تشمل هذه البرامج حيوان المها العربي والأيائل والبدن، كما وتعمل الجمعية على إطلاق هذه الحيوانات حرة في بيئاتها الطبيعية بعد تامين برامج الحماية لها، هذا وقد حولت الجمعية مؤخرا إستراتيجيتها في تنفيذ برامج الحفاظ على الطبيعة من التركيز على الأنواع لتستبدلها ببرامج تركز على حماية الموائل الطبيعية.

تطبيق قوانين حماية الأحياء البرية بتفويض من وزارة الزراعة ومن خلال العمل مع المؤسسات والهيئات الشريكة في تطبيق القوانين البيئية في الأردن وعلى وجه الخصوص الشرطة البيئية، كما تعمل الجمعية على تطبيق الاتفاقية الدولية لتنظيم الاتجار بالأحياء المهددة بالانقراض (CITES).

راء دراسات وأبحاث متخصصة وذلك في سبيل توفير قاعدة علمية لبرامج حماية الطبيعة في الأردن.

نشر الوعي البيئي حول قضايا حماية الطبيعة بين فئات المجتمع المختلفة، بالتركيز على طلبة المدارس من خلال تحسين المحتوى البيئي للمناهج المدرسية، وإدارة شبكة من أندية حماية الطبيعة في المدارس وتطوير برامج تعليم بيئي في المحميات الطبيعية.

تطوير مشاريع تنموية اقتصادية اجتماعية للمجتمعات المحلية التي تعيش داخل وحول المحميات الطبيعة بطريقة متكاملة مع حماية الطبيعة فيها، وتتضمن هذه المشاريع برامج منوعة في السياحة البيئية، وإنتاج حرف يدوية أصيلة ومنتجات زراعية دون استخدام المواد الكيماوية. تسِوق الجمعية منتجات هذه المشاريع والبرامج السياحية البيئية من خلال الاسم التجاري "برية الأردن" وتتوفر جميع منتجات هذه المشاريع ومعلومات حول البرامج السياحية في مركز برية الأردن في عمان.

توفير التدريب وبرامج بناء القدرات للعاملين في المؤسسات البيئية في الأردن والدول العربية المجاورة، وذلك بهدف زيادة فاعلية هذه المؤسسات والأفراد بتنفيذ برامجها في الحفاظ على الطبيعة وحماية البيئة.

تشجيع كافة فئات الشعب الأردني على المشاركة الفاعلة في برامج حماية الطبيعة والانضمام إلى عضوية الجمعية.

الترويج للمشاركة الشعبية في برامج حماية البيئة الأردنية من خلال الحملات التي تنفذها الجمعية بالتعاون مع لجان تأييد السياسات البيئية التطوعية.